Bergoglio được bầu làm Giáo hoàng vào ngày 13 tháng 3 năm 2013 trong ngày thứ hai của Mật nghị Hồng y 2013, ông chọn tông hiệu là Giáo hoàng Phanxicô[40][41][42]. Giải thích về điều này, Thomas Rosica - phát ngôn viên phó của Vatican nói rằng tân Giáo hoàng chọn tông hiệu Phanxicô là liên quan đến Thánh Phanxicô thành Assisi khó nghèo, vì ông vốn sống theo gương thánh nhân[43][44][45]. Một số người ban đầu lầm tưởng rằng, vì hồng y Bergoglio là một tu sĩ Dòng Tên nên ông đã chọn tông hiệu Giáo hoàng là Phanxicô theo Thánh Phanxicô Xaviê, cũng là một linh mục Dòng Tên[46][47]. Nhưng chính ông giải thích việc chọn tông hiệu này như sau: " Trong cuộc bầu Giáo hoàng, tôi ngồi bên cạnh Đức Hồng y Claudio Hummes, nguyên Tổng Giám mục Sao Paolo, một người bạn rất thân với tôi, khi tình huống trở nên "nguy hiểm", ngài an ủi tôi, không sao đâu! Nhưng khi số phiếu bầu đã lên đến 2 phần ba, mọi người vỗ tay vì đã bầu được giáo hoàng. Ngài ôm hôn tôi và nói: "Đừng quên người nghèo". Lời này đi vào sâu thẳm trái tim tôi: người nghèo, người nghèo. Liên hệ đến người nghèo, gần như ngay lập tức tôi nghĩ về Thánh Phanxicô Assisi.[48] Hồng y Timothy Dolan - một nhân chứng trong mật nghị này cũng xác nhận rằng, ngay sau khi được chọn làm Giáo hoàng, Bergoglio cho biết: "Tôi chọn tên Phanxicô vì yêu quý Thánh Phanxicô thành Assisi"[49]. Vatican cũng đã xác nhận rằng tên chính thức của tân Giáo hoàng là Phanxicô, không phải "Phanxicô I". Một phát ngôn viên Vatican nói rằng tên này sẽ trở thành Phanxicô I nếu và chỉ khi có thêm Giáo hoàng chọn tông hiệu Phanxicô về sau[50]. Hiện tại, Giáo hoàng Phanxicô thông thạo tiếng Tây Ban Nha mẹ đẻ, tiếng Latinh, tiếng Ý và tiếng Đức[51].Ông cũng nói được tiếng Anh, tiếng Pháp, tiếng Bồ Đào Nha dù không trôi chảy và một chút thổ ngữ Piedmont. Những lời đầu tiên của ông nói với công chúng trên cương vị giáo hoàng khi chúc phép lành Urbi et Orbi[52]: